R与C的接口：从R调用C的共享库
by wentrue
at 2009-03-10 21:10:57
original http://www.wentrue.net/blog/?p=72
R具有强大的可扩展性，提供包括C/C++、Fortran等等语言的接口，其计算能力也通过这些强悍的底层语言而得到极大的拓展。这里介绍怎样写R代码调用由C生成的共享库。 最简单的例子： 一、建立一个C文件，名为userC1.c void useC(int i, int j) { j[0] = i[0]+10; } 二、编译C程序 R CMD SHLIB useC1.c 或 gcc -c userC1.c R CMD SHLIB userC1.o 三、在R中进行如下调用
> dyn.load("useC1.so") #注：动态载入共享库 > out=.C("useC", a=as.integer(c(1,2,3)), b=as.integer(c(0,2,3))) #注：第一个参数为要调用的函数名 > a [1] 1 2 3 > out$b [1] 11 2 3
需要注意的地方： 1、编写的C函数不能有显式返回值，即函数返回要声明为void； 2、要得到函数的计算结果，只能通过传址实参的方式，在C参数中传递某个指针作为计算结果； 3、函数返回一个list，其中每个元素对应同名字的参数。 4、R中传参时参数的类型为vector，解释到C处对应就是指针。所以C函数参数必须声明为指针，这点要切记，否则会带来意想不到的结果。 5、传递数值向量时，默认为double型，可通过as.integer函数转换为integer型。 6、例子中R调用的工作原理：参数被拷贝一份，传递到C函数，计算，各参数拷贝到out这个list，返回。所以原工作区的变量不会被改变。 四、注意数据类型的显式声明，用as.函数来显式注明要传递的参数类型，以免到C处发生不可预料的错误。 / useC2.c / void useC(int i, double d, char **c, int l) { i[0] = 11; d[0] = 2.333; c[1] = "g"; l[0] = 0; } 在命令行中运行如下命令： R CMD SHLIB useC2.c 生成动态库useC2.so 可以这样来编译连接多个源文件 R CMD SHLIB file1.c [...]